Igra Alien Quarantene se odvija na ozemlju tajnega laboratorija, kjer se izvajajo poskusi na ujetih nezemeljskih bitjih. Enemu od nezemljanov se je uspelo osvoboditi, ostale je osvobodil in v laboratoriju se je začel pravi kaos. Junak igre Alien Quarantine je poslan v izvidnico, vendar se sooči z nevarnim sovražnikom. Obnoviti mora varnostni sistem, da prepreči pošasti vdor v druge sektorje. Če želite to narediti, morate aktivirati več naprav, premikanje in streljanje, izogibanje napadom tujcev.
