Pogumni ninja si je zaradi svoje poštenosti in brezkompromisnega odnosa do vsega, kar povzroča škodo nedolžnim ljudem, nakopal veliko sovražnikov. V igri Ninjas Return boste srečali junaka v enem izmed najtemnejših dni njegovega življenja. Vrnil se je domov, a namesto veselega srečanja z družino je bil priča, kako je njegov sovražnik, črni ninja, ugrabil njegovo ženo in ga odpeljal v neznano smer. Junak se takoj poda v zasledovanje, a sovražnik je pripravljen, skušal bo ustaviti junaka s pomočjo svojih podložnikov in gozdnih pošasti v Ninjas Return.
