Epidemija je prizadela mesta in kraje v Outbreak Ops. V pričakovanju prihoda cepiva so bila oblikovana karantenska območja, vendar se je število okuženih povečalo in začelo je mutirati. Nobeno cepivo ne more vrniti mutanta v človeško obliko, zato je bilo odločeno, da se izvede čistka v karantenskih območjih. Vaš junak bo opravljal naloge, vi pa mu boste pomagali. Njegova misija se bo spremenila v preživetje, ker je v Outbreak Ops preveč mutantov. Premikati se boste morali hitro, da ne boste obkroženi.
