Vsak, ki je bil na morju, je zagotovo videl meduze. To so žele podobna bitja, ki plavajo v vodnem stolpcu, mnogi med njimi boleče pičijo, zato počitnikarji ne marajo preveč meduz. Toda v igri Flappy Jelly boste pomagali eni izmed njih in to je popolnoma nenevarna meduza, zato se mora skrivati pred številnimi sovražniki, ki jih ima vsak v podvodnem svetu. Medtem se mora meduza skriti pred nevihto, ki se bliža območju. Sploh si ne želi viseti v valovih, zato se je odločila zaplavati globlje, a končala med ruševinami nekega starodavnega templja. Pomagajte meduzi mimo marmornih stebrov, ki štrlijo z vrha in dna Flappy Jellyja.