Kar nekaj ljudi je nagnjenih k različnim boleznim, ki človeku povzročajo veliko težav. Pojavijo se zaradi okužbe telesa z različnimi mikrobi. Predstavljajte si, da se boste v igri Germ War znašli v prihodnosti, ko bo človeštvo prišlo do mikro nadzorovanih ladij, ki vstopajo v okuženi organizem in s pomočjo pomagajo uničiti sovražnika. Na tej ladji boste leteli na igrišču in streljali iz posebnih topov, da bi uničili vse škodljive mikrobe.