V Prison Twins sta se istočasno znašla v zaporu dva brata in oba sta se odločila pobegniti z združitvijo moči. Zapor, v katerem se znajdejo, je struktura, ki sega globoko pod zemljo. Iz njega je skoraj nemogoče pobegniti. Celice junakov se nahajajo na najnižji ravni, kar pomeni, da bodo morali ubežniki premagati številne ravni, da se dvignejo na površje. Pomagali boste junakom; na vsaki ravni morate najti tri ključe, da odprete potrebna vrata in obidete nevarne pasti. Bratje si morajo med seboj pomagati v Prison Twins.