Poseben vlak, ki vozi od Antarktike do džungle, bi lahko prenehal obstajati, razlog pa je v dotrajanosti železniških tirov. Živali so se v strahu, da bi izgubile edino prevozno sredstvo, ki jim omogoča potovanje, obrnile na Diega za pomoč pri Go Diego Go! Diego's Railroad Rescue. Fant je pripravljen pomagati in vas vključiti v izvajanje svojega načrta. Vključuje popravilo ceste, vendar morate najprej vse živali spraviti v vagone. Potniki se strinjajo, da bodo potovali le v spremstvu sebi vrstnih, zato je na voljo ločen vagon za pingvine, jelene, medvede ipd. Ko so vse živali postavljene, bo vlak začel svojo pot in pred vsakim postankom morate sestaviti cesto kot sestavljanko z obračanjem posameznih odsekov v igri Go Diego Go! Diego's Railroad Rescue.
