Vaš junak v Ninja Assassin je morilec ninja in z vašo pomočjo bo opravil svoje delo. Sestavljen je v uničenju tistih, ki so trenutno postali njegovi sovražniki. Pravzaprav je naloga očistiti skladišča. Pričakuje se, da bodo na njih oropali velik napad. Stražarji se sprehajajo po sobah s škatlami in osvetlijo svojo pot z lučmi. Če je ninja v coni, ki ga osvetljuje svetilka, ga bo stražar videl in napadel. Izbrati bi morali iz temne strani in takoj napasti. Celoten postopek je tih, tako da drugi stražarji niso previdni pri Ninja Assassin.
