Življenje v Kraljestvu gob je znova moteno zaradi ugrabitve princese Breskve. Bowser se ne more umiriti in se ne more domisliti ničesar novega, razen ugrabitve princese. Mario v Super Mario Flash se bo odpravil na pot, da bi rešil dekle, zanj to ni prvič in imate razlog, da ponovno postanete udeleženec zabavne pustolovščine. Vodi Maria po platformah, skakaj na zlobne gobe in želve. Poiščite veliko čarobno mušnico, ki bo vodovodarja spremenila v Super Maria. Poleg tega lahko na platformah najdete čarobno rožo, ki bo prav tako okrepila junaka in mu dala moč v Super Mario Flash.
