Čarovniki različnih ravni, čarovniki, čarovniki in celo čarovnice uporabljajo posebne magične krogle, v katerih vidijo prihodnost ali preteklost. Vsaka krogla lahko opravlja določeno funkcijo. Poleg tega so krogle v različnih ravneh in celo velikostih. Igra 3D Balls: Merge vas vabi, da obiščete kraj, kjer se oblikujejo čarobne krogle, ta kraj je dostopen samo visokim čarovnikom in zdaj vam. Žoge bodo padle na vaš ukaz, tako da zagotovite, da dve enaki žogi trčita. Posledično bo prišlo do združitve in v 3D Balls: Merge se bo pojavila krogla večjega premera in višje ravni.
