Junak igre Counter-Strike: Reboot bo moral z vašo pomočjo sodelovati v dvanajstih misijah. Ker je vsebina strogo skrivnost, bodo cilji razkriti, ko boste opravili prejšnjo misijo. Prvi se imenuje Alpha in vaša naloga je odbiti napad teroristov, ki želijo zavzeti vašo bazo. Na drugih misijah boste morali opravljati druge naloge, kot so: osvoboditev talcev, uničevanje terorističnih baz, čiščenje min itd. Vse misije so časovno omejene, težave morate rešiti hitro in učinkovito v Counter-Strike: Reboot.
