Miniaturni slikovni junak popelje Micro Metroid na potovanje skozi svet mikroplatform v slogu Metrovania. Pomagajte mu skozi nevarna območja na ploščadih in le še jih bo več. Pazite se prestav in izberite mesta, kjer lahko skočite na ploščad in nadaljujete. Na poti bodo zastavice – to so kontrolne točke, ki vam bodo zagotovile kraj, kamor se bo junak vrnil, če se bo v Micro Metroidu znašel na konicah ali padel s platforme.