Nindže so se pojavile v srednjem veku na Japonskem in služile kot vohuni, skavti in izvidniški saboterji. Nosili so temna oblačila, zakrili obraze in večinoma delovali ponoči, se gibali tiho in opravljali dodeljene naloge. Vsi nindže so obvladali umetnost ninjutsu. V bistvu so nindže vrsta bojevnikov, ki se uporabljajo v posebnih operacijah, kot so japonske posebne enote. Junaku igre Ninja Speed Runner je prav tako zaupana skrivna misija, zato se premika hitro. Shurikeni letijo proti njemu, od katerih se mora izmikati in vi mu boste pri tem pomagali, prisilili junaka, da skoči ali se skloni v Ninja Speed Runner.
