Mafija na Japonskem se imenuje Yakuza in je zelo resna kriminalna združba, ki deluje mimo zakona po svojih pravilih. Če nekaj potrebuje, to vzame, ne glede na življenja in potrebe tistih, ki ji stojijo na poti. Samurai vs Yakuza vam predstavi samuraja, ki želi rešiti svojo vas. Razbojnikom je bila všeč zaradi starodavnega templja, ki se nahaja na njenem ozemlju. V tem templju je več dragocenih figuric, ki jih je vodja Yakuze želel imeti v lasti. Naš junak je stal na poti celotni mafijski vojski in bo z vašo pomočjo odbil napad roparjev v črnih haljah v igri Samurai vs Yakuza.