Junak igre Murder Case Clue 3D je deček Tom, ki obožuje detektivske zgodbe. Prebral je vsa dela o Sherlocku Holmesu in Herculu Poirotu in točno ve, kaj bo postal, ko bo velik. Fant je dolgo sanjal o preiskavi pravega zločina. A kdo mu bo dovolil, saj je še pubertetnik. Vendar življenje občasno prinese presenečenja. Ko so fanta prijatelji povabili, naj preživi vikend z njimi v podeželski hiši, se mu ni sanjalo, kako se lahko to konča. Ko je prišel na določen naslov in našel želeno hišo, je junak našel prazno. Vsi prijatelji so odšli, da bi dali izjave na policijo, ker se je v hiši zgodil umor. Medtem ko tam ni bilo nikogar, se je deček odločil raziskati dogodek. Nihče mu ne bo preprečil iskanja dokazov, vi pa boste pomagali hitro ugotoviti resnico v Murder Case Clue 3D.