V drugem delu igre Pandemic 2 boste nadaljevali svojo misijo uničenja vsega človeštva kot smrtonosna pandemija. Igra se začne tako, da izberete vrsto bolezni: virus, bakterija ali parazit. Nato boste izbrali izhodišče za svojo okužbo. Od tam boste morali širiti svojo bolezen na preostali svet. S širjenjem po svetu lahko izboljšate svojo bolezen in poskrbite, da ljudje ne bodo trpeli za njo. Nenehno spreminjajte svoj virus, tako da človeštvo ne more najti zdravila zanj. Tako boste postopoma uničili celotno prebivalstvo planeta v igri Pandemic 2
