Ninja se je pravkar vrnil s pohoda in se odločil obiskati domači samostan, kjer je študiral, in svojega najljubšega učitelja, ki mu je dal ogromno znanja in ga naučil obvladovati svoje telo in duha. Našel je menihe v malodušju in veliki frustraciji. Dan prej je rdeči samuraj napadel samostan in ukradel zbirko starodavnih kamnov z runami. To so sveti kamni, ki jih v samostanu hranijo že stoletja. Naš junak je prisegel, da bo vrnil vse ukradeno in se takoj odpravil na pot. Pomagajte junaku v igri Ninja Run izpolniti njegovo sveto nalogo. Ninja bo tekel, vi pa mu boste pomagali pravočasno preskočiti ovire in sovražnike ter zbirati kamne.
