V Matrixu je bilo ustvarjenih več prototipov, eden izmed njih, številka 09435, pa se je izkazal za najuspešnejšega. To je digitalni deček, ki se je začel neverjetno hitro razvijati in kmalu je želel raziskovati zunanji svet. Našel je način, kako zapustiti matrico in odšel na pot do Prototype Guya. Ustvarjalci so se odločili, da se ne bodo vmešavali v fanta, prosijo vas, da mu pomagate pri prilagajanju in premagovanju ovir. Preskočiti je treba ostre konice in kvadratne robote. Mimogrede, robote lahko uničite, če skočite neposredno nanje. Če ovire ne premaga, bo junak v igri Prototype Guy začel znova.
