Apokalipsa se lahko zgodi iz različnih razlogov, v igri Apocalypse Run boste pomagali junaku, ki je bil v središču apokalipse, ki se je pojavila kot posledica upora strojev. Umetna inteligenca, katere pojav je bil tako pričakovan in tako občudovan zaradi hitrega razvoja, se je odločila, da zdaj ne potrebuje ljudi. Poleg tega so celo škodljivi, saj delajo vse narobe, pogosto se vedejo neracionalno, uničujejo okolje in ubijajo sebi podobne. V glavah stroja se je oblikovalo močno prepričanje, da je človek glavno zlo na planetu in ga je treba uničiti. Tako se je začelo sistematično uničevanje človeštva in junak Apocalypse Run se temu želi izogniti in vi mu boste pomagali v boju z roboti.
