V Ben 10: Brains vs Bugs boste morali pomagati smešnemu zelenemu nezemljanu, da osvobodi svoje ugrabljene prijatelje. Pred vami bo na zaslonu viden vaš lik, ki se bo nahajal na določeni lokaciji. Z uporabo kontrolnih tipk boste vodili njegova dejanja. Vaš junak bo moral hoditi po določeni poti, premagovati različne pasti in druge nevarnosti. Na poti bo zbiral zlate kovance in druge uporabne predmete, ki vam bodo prinesli točke v igri Ben 10: Brains vs Bugs in lahko liku dajo različne vrste bonusov. Poleg tega se bo moral vaš lik boriti proti žuželkam, ki se bodo pojavile na njegovi poti.
