Mario ni navdušen nad nočjo čarovnic, saj se običajno v tem času v prostranstvih Gobjega kraljestva aktivirajo vsi zli duhovi in Bowser izpusti vse svoje sluge, da delajo zmešnjavo. V Super Mario Flash Halloween Version boste Mariu pomagali najti vse zlikovce in jih pokončati s skokom od zgoraj. Vsi junakovi prijatelji in celo Luigijev brat se skrivajo doma in ne pomolijo nosu, le pogumni vodovodar se ne boji nikogar. In za to obstaja razlog - vi, spretni igralec, ste tisti, ki bo nadzoroval junaka in mu preprečil napako v Super Mario Flash Halloween Version.
