V smeri majhnega naselja na Japonskem se premika odred roparjev. Čeprav pobijajo domačine in plenijo vas. Pogumni ninja bojevnik je vstal v zaščito domačinov. Vi v igri Phase Ninja boste pomagali junaku v boju proti zlikovcem. Pred vami na zaslonu bo vidno območje, v katerem se bo nahajal vaš lik. Sovražna enota se bo premaknila v njegovo smer. S pomočjo različnih orožij za metanje in loka s puščicami lahko uničite nasprotnike na daljavo. Ko se sovražnik približa, potegnete meč in se podate v boj na blizu. Z udarcem z mečem po sovražniku ga boste uničili in za to dobili točke. Po smrti sovražnikov boste lahko pobrali trofeje, ki bodo padle iz njih.