Junak igre Ninja Assassin zahteva, da se imenuje ninja Assassin, čeprav po videzu malo spominja na krutega in neusmiljenega morilca. Poleg tega se skozi celotno igro nikogar ne dotakne s prstom. Njegova naloga je iti skozi in zbrati vse zlate zvezde. Ninji lahko pomagate, če se prijavite v igro. Vodite ga po cesti tako, da se izogne kupom kamenja, ogromnim pastem, ki so očitno nastavljene za medveda, in vsem vrstam nenavadnih raznobarvnih bitij. Vsak trk z zgornjimi predmeti, tako živimi kot neživimi, bo vodil do konca ninja kampanje v Ninja Assassin.
