Videz pogosto vara, če pogledate junaka igre MR Bullet, se vam zdi, da je to prijetna inteligentna oseba v lični obleki s kravato in skrbno oblikovano pričesko. Zagotovo dela v pisarni ali se ukvarja s poučevanjem in se boste kruto zmotili. Pravzaprav je pred vami okruten, preudaren in neusmiljen morilec, ki bo ubil vsakogar za zelo dober denar. Čeprav ima tudi svoj kodeks časti: ne dotika se žensk in otrok. Tokrat je njegov ukaz tolpa jakuz, ki se je pojavila v mestu in poskuša izriniti lokalne mafijske skupine. Eden od njih je najel našega junaka, vi pa mu boste pomagali odpraviti vse nindže v MR Bullet.