V igri Atom War se boste odpravili v svet, kjer živijo najmanjši delci, ki jim pravimo atomi. Na tem svetu se je začela vojna in vi boste sodelovali v njej. Na zaslonu pred seboj boste videli svoj rdeči atom. Imel bo določeno velikost in okoli njega bo vidno majhno polje sile. Okoli vašega atoma se bodo drugi delci začeli pojavljati z modro barvo. Morali jih boste natančno preučiti in poiskati tiste, ki so po velikosti manjši od vašega lika. To pomeni, da so ti delci šibkejši od vašega atoma. Morali jih boste loviti in nato napadati. Z uničenjem modrega atoma boste prejeli točke, vaš lik pa bo postal večji in močnejši.
