Mario, vodovodar, ki ga imamo vsi radi, se je začel zanimati za tak ulični šport, kot je parkour. Naš junak se je odločil trenirati ta šport na strehah mestnih zgradb. Vi v Super Mario City Run se mu boste pridružili na tej vadbi. Pred vami na ekranu boste videli Maria, ki stoji na strehi hiše. Pod vašim vodstvom bo tekel naprej in postopoma nabiral hitrost. Pozorno poglejte na zaslon. Na poti vašega junaka se bodo zgodile napake, ki ločujejo strehe stavb. Ko priteče do enega od njih na določeni razdalji, ga boste morali prisiliti, da skoči. Tako bo vaš junak preskočil to nevarnost. Tudi ovire se bodo pojavile pred Mariom. Na nekaterih od njih bo lahko plezal na teku, pod drugimi, nasprotno, bo moral voziti na hrbtu pod dnom. Na poti mora Mario pobrati različne predmete, ki vam bodo prinesli točke in lahko junaku dajo različne vrste bonusov.