Kot del posebne enote boste v Secret Oparetion opravili skrivne misije po vsem svetu. Na začetku igre boste morali izbrati svoj lik. Nato zanj poberi orožje, eksploziv in strelivo. Takoj, ko to storite, bo vaš junak na določeni lokaciji. S pomočjo krmilnih tipk boste usmerjali njegova dejanja. Z radarjem se boste morali premakniti naprej. Takoj, ko opazite sovražnika, ga napadite. Z natančnim streljanjem in uporabo granat boste uničili sovražne vojake in za to dobili točke. Po smrti sovražnika ne pozabite zbrati trofej, ki so padle iz njega.