Sčasoma se vse spremeni in spremenil se je tudi Mario. Če so bili prej vsi sovražniki znani in jih ni bilo toliko, so zdaj postali skriti in nevarnejši. V igri Super Mario Vs Mafia se bo naš pogumni vodovodar moral soočiti z veliko mafijsko skupino. Navzven so to trdni fantje v črnih oblekah, v resnici pa pravi banditi, še več, kruti in neusmiljeni. Pomagajte junaku pri soočanju z vsemi kriminalci. Verjetno boste v junakovih rokah prvič videli močno orožje za osebno orožje. Zaloga streliva na vsaki ravni se bo spreminjala glede na situacijo, vendar bo vedno manjša, kot je potrebno. Zato mora vsak strel doseči cilj. Z eno kroglo lahko junak uniči več banditov hkrati, če so na istem pasu ali s pomočjo rikošeta v igri Super Mario Vs Mafia.