Junak igre Super Portal Maze 3D se je znašel v tridimenzionalnem labirintu puzzle. Ni čisto navaden. Namesto tradicionalnih hodnikov, ki vodijo v različne smeri, se razcepijo in poskušajo zmesti vse, boste videli samo eno sobo in več okroglih izhodov različnih barv. V sobi je zaključna zastava, na katero morate dostaviti junaka in različne nevarne ovire. Naloga je priti do zastave s pomočjo posebnih portalov. Običajno so parni. To pomeni, da v eno vstopite, v drugo pa izstopite. Pomislite in izberite par, ki vas bo pripeljal do zaključka stopnje v Super Portal Maze 3D.