Mladi fant Kjoto se je pridružil tajnemu redu bojevnikov nindž. Poslali so ga v gore v poseben tempelj, kjer je Akademija, kjer se urijo vse začetne vojne. Danes ima naš junak trening, vi pa mu boste pomagali pri vodenju v igri Ninja Academy. Pred vami boste na zaslonu videli svojega junaka, ki stoji na dvorišču templja. Pod njim bo nameščena posebna plošča s kontrolnimi tipkami. Z njeno pomočjo boste usmerjali dejanja svojega junaka. Predmeti se bodo pojavili pred njim z različnih strani. Vi, ki vodite junaka, jim boste morali s pomočjo rok ali nog zadati natančne udarce. Vsak vaš natančen zadetek vam bo prinesel določeno število točk. Po vadbi udarcev boste prešli na razvijanje različnih tehnik.
