V večini obstoječih iger se ninja pred nami pojavi kot pogumen nesebičen junak in borec. Pogumno se bori s tistimi, ki so prestopili na temno stran ali s pravimi pošasti in pošasti, spretno seseklja sadje in zelenjavo z ostrim mečem in primerno meče shuriken jeklene zvezde. V igri Run Ninja boste spoznali povsem drugačnega lika. Pravzaprav boste videli le njegov hrbet in peneče pete. Naš ninja ne želi obvladati borbene veščine, presega njegove moči in se je odločil pobegniti iz samostana. No, to je njegova izbira in samo pomagati mu morate premagati težko pot, posejano z ovirami v istih jamah in pasti s konicami v Run Ninja.
