Med obema nindžama sta izbruhnila vojna. Vi v igri Ninja proti Ninji boste sodelovali v tem soočenju. Na začetku igre boste morali izbrati svojega lika. Pod njim boste dobili orožje in strelivo. Po tem bo vaš junak na določenem območju. Vaš nasprotnik bo na nasprotnem koncu lokacije. Na signal se boste morali premakniti v njegovo smer. Takoj, ko se približate, se dvoboj začne. Lahko udarite z mečem ali uporabite metanje orožja. Vaša naloga je, da čim prej ubijete sovražnika in zanj pridobite točke. Napadel bo tudi vas. Morali se boste izogniti njegovim udarcem ali jih blokirati s svojim mečem.