V oddaljenem čudovitem svetu živijo bitja, kot je Pokemon. Razdeljeni so v skupine, ki častijo duhove narave. Nekoč so častilci duhov Ognja in Vode izvedli obred in poklicali te božanske entitete na ta svet. A izkazalo se je, da so zelo zli duhovi in so ušli izpod nadzora. Zdaj je ves planet v kaosu in naravne nesreče se nenehno dogajajo. V igri Pokemon Emerald Version se boste morali boriti z njimi. Pred vami na zaslonu boste videli določeno območje, v katerem bodo vaši liki. Napadli bodo na primer duha ognja. Njihova dejanja boste usmerjali z namensko nadzorno ploščo. Z njegovo pomočjo boste prisilili svojega Pokémona, da uporablja različne čarovniške uroke, s katerimi bodo škodovali nasprotniku.
