Undying Contra je ustvarjalce igre Rogue Trigger navdihnil z idejo o novih dogodivščinah pogumnega osamljenega bojevnika, ki se po svojih najboljših močeh bori proti svetovnemu terorizmu. Moral se bo infiltrirati v sovražnikovo vojaško bazo. Kjer se razvija tajno biološko orožje. Po podatkih obveščevalnih podatkov tam izvajajo poskuse na živalih, katerih namen je iz živali narediti poslušne vojake in jih uporabiti proti sovražnikom. Naš junak se mora infiltrirati v bazo in jo razbiti na koščke. Toda pristopi do objekta so dobro varovani. Srečati se boste morali na desetine dobro usposobljenih borcev. Streljali bodo z vseh strani, le okretnost, spretnost, hitrost gibanja in natančno streljanje bodo liku pomagali preživeti in dokončati nalogo.