Ni zastonj, da se je naš ninja dolga leta izčrpal s treningi v visokogorskem samostanu. Po njihovi zaslugi je postal najboljši v svojem poslu, super hiter in super okreten. In zdaj je usoda sveta, v katerem želi živeti, odvisna od njegovih spretnosti in sposobnosti. V jedrski elektrarni obstaja nevarnost eksplozije. Nahaja se daleč od poseljenih območij, če pa se zgodi eksplozija, bo tako močne, da se ne bo zdela nikomur. In od junakove rodne vasi ni ostalo niti pepel pepela. V nekaj minutah morate priti do postaje in izklopiti reaktor. To je še vedno mogoče, vendar razen ninje nihče nima te hitrosti. Ampak moral bo teči, mimo številnih ovir in tu ne morete storiti, če mu ne boste pomagali dokončati ravni, preden zmanjka časa v igri Nuclear Ninja.
