Iz tečaja šolske fizike in kemije veste, da skoraj vse na planetu sestavljajo atomi, tudi ti in jaz. So zelo majhne in jih je mogoče videti le pod super močnim mikroskopom. Ti delci so v stalnem gibanju in to je normalno. Če se njihovo gibanje poveča, se predmet segreje. Toda v igri Atomic Puzzle naj vas skrbi popolnoma drugačna težava. Na vsaki ravni boste razpletli atomske verige, zaradi česar bo vse, kar je bilo na igrišču, izginilo. Če želite zagotoviti izginotje, morate s klikom na enega od njih sestaviti tri atome iste barve. S pomočjo posebnih pomožnih bonusov lahko spreminjate barve, spreminjate položaje, odrežete koščke in podobno. Modro uporabite dodatne lastnosti in uganko boste nato rešili. Če pa se to ne izide, lahko stopnjo vedno ponavljate, dokler ne dosežete želenega rezultata.