V drugem delu igre Virus Ninja 2 boste pomagali pogumnemu bojevniku ninja v boju z različnimi virusi. Pred vami na zaslonu bo igrišče, na katerem se bodo pojavile različne bakterije. Premikali se bodo v različnih smereh in z različno hitrostjo. Če jih želite uničiti, boste morali uporabiti meč. Pazljivo si oglejte zaslon in z miško vozite predmete. Tako boste udarili na bakterije in jih sesekljali na koščke. Včasih se med temi predmeti lahko pojavijo bombe. Ne smete jih zamahniti.
