Daleč na severnem polu živi družina smešnih pingvinov. Danes se bo moral eden od njih odpraviti na določeno območje, da bi tam ujel okusne ribe. V igri Penguin Run 3d boste junaku pomagali čim hitreje priti tja. Preden boste na zaslonu vidni vaš lik, ki bo tekel naprej po poti, ki postopoma pridobiva hitrost. Na poti njegovega gibanja bodo naletele različne ovire in druge nevarnosti. S krmilnimi tipkami boste morali to storiti tako, da jih bo vaš junak vse obšel ali preskočil. Pomagajte mu tudi zbrati različne uporabne predmete, raztresene povsod.