Božiček vsako leto leti po svojem čarobnem jelenu po vsem svetu in mu prinese darila. Toda težava je, da je naš dobri dedek pustil obiskati drugo mestece, vendar je bil njegov jelen zelo utrujen in je pristal na strani gore. Naš junak ni bil izgubljen in se je, skočil na noge, odločil, da se bo v mesto sam odpravil v mesto. V igri Pixel Santa Run mu boste pomagali pravočasno doseči točko, ki jo potrebuje. Vaš junak bo po določeni poti tekel čim hitreje. Na poti njegovega gibanja se bodo pojavile različne ovire. Vi boste s pomočjo kontrolnih puščic morali junaka prisiliti, da teče po vseh teh nevarnih odsekih, ki se nahajajo na cesti.