Veliko je ljudi, med njimi uglednih znanstvenikov, ki verjamejo, da so tujci že dolgo prišli na zemljo, živijo med zemeljskimi naselji in vplivajo na njihova življenja. V igri Clowns Vs Aliens lahko preprečite tak scenarij zajemanja planeta in vam pomagajo klovnovi, ki jih vodi kapitan Paisi. Zbral je prvotni arzenal za uničenje tujcev in vas vabi, da jo uporabite za obrambo. Orožje se nahaja na levi navpični plošči. Za začetek boste na voljo samo črni baloni. Z lahkoto se bodo ukvarjali s prvimi valovi napadov. Nato potrebujemo orožje. Dostop do njih se odpre, ko je lestvica nad kroglicami polna.
