Bear Banjo, skupaj s svojo sestro, živi v globinah gozda. Nekega dne se je naš lik zbudil in ugotovil, da njegova mlajša sestra manjka. Zdaj v igri Banjo-Kazooie mu bomo pomagali, da jo najde. Za pomoč se je naš lik obrnil na čarobno ptico Kazue. Po čarobnem ritualu je ujela pot in letela po njej. Zdaj vodite junaka, ki bo morala iti po njej, ne da bi zaostajala. Bodite previdni na poti, kako boste imeli pasti in se boste vozili, bo junak moral prisiliti, da skočijo nad njimi. Včasih se srečujete z različnimi agresivnimi pošasti in jih boste morali uničiti.
