Na starodavni Japonki je obstajala stalna vojna med dvema kastema bojevnikov - samuraja in ninja. V igri Ninja Runner se bo boril na strani reda ninj. Tvoj znak je od vodje naročila prejel ukaz za izviđanje v enem gozdu, kjer se lahko skrivajo samuraji. Vaš junak je pogumno pel v gozd in tekel po poti. Mnoge nevarnosti in pasti ga čakajo na poti. Če boste nadzorovali svoj lik, ga boste morali skakati in ne pasti v te pasti. Če naletite na sovražne vojake, jih boste morali uničiti s pomočjo meča. Samo zbrati različne predmete, ki spadajo na njegovo pot.
