Daleč v vesolju, v orbiti enega od planetov, je bilo vesoljsko ladjo, na kateri je bil laboratorij, v katerem so bili opravljeni poskusi na različnih živalih. Vbrizgali so jih s tujimi DNK in opazovali, ko so se spremenili. Kot pri bazi je povezava izginila in vojaki so bili tam poslani iz Star Assault. Bili bomo eden od njih v igri Attack on the Mothership. Naš lik je oborožen s standardnim strelivom. Njegova naloga je prodreti na ladjo in ugotoviti, kaj se je zgodilo tam. Kot se je izkazalo, se je celotna posadka spremenila v pošasti, zdaj pa se morate spopasti z njimi. Z vašim orožjem morate hitro in učinkovito uničiti vse pošasti, s katerimi se boste srečali na krovu ladje.
