V starih časih v službi cesarjev Japoncev je bil red ninja. Te skrivnostne vojne so takrat imele najboljše inteligentne sposobnosti in so bili vsi borilni umetniki. Danes, v igri Ninja Run, vam bomo pomagali eno takšno vojno, da se infiltrira na sovražno ozemlje. Naš junak teče ob cesti, ki je napolnjena z različnimi pasti in drugimi nevarnostmi. Večino jih lahko skočite s hitrostjo in nadaljujete. Če srečate sovražne vojake, jih poskusite uničiti. Tudi na cesti zbrati različne predmete, ki ležijo na tleh. Dali vam bodo točke in druge prijetne bonuse.