Runner igre so zelo priljubljene in ki preprosto niso tekli na virtualnih cestah, tirih in železniških progah podzemne železnice. Igra Nano Ninjas vas vabi, da tečete skupaj z živahnim malim nindžo. Odločil se je za lov na zaklad in našel celo en starodavni tempelj, kjer bi lahko dobil sto nekaj dragocenega. Toda posledično ne more samo dobiti ničesar, ampak tudi izgubiti življenje. Takoj, ko je pomolil glavo v tempelj, mu je naproti skočil ogromen črni panter z namenom, da bi vsiljivca požrl. Čas je, da ninja odleti in čas je, da posredujete vi in mu pomagate premagati ovire, da se ne spremeni v večerjo za zver v Nano Ninjah.