V bližini majhne vasice na Japonskem so se pojavili živi mrtvi. Ponoči se sprehajajo po naselju in plenijo ljudi. Pogumni ninja bojevnik Kyoto je prejel ukaz cesarja, da uniči zombije. V igri Ninja Versus Zombie boste ninji pomagali pri tem. Pred vami bo na zaslonu območje, v katerem se bo nahajal vaš lik. S krmilnimi tipkami boste usmerjali dejanja nindže. Teči bo moral naprej po terenu in se pozorno ozreti naokoli. Na poti bo lahko zbiral zlate kovance in druge predmete, raztresene po vsej lokaciji. Takoj, ko srečate zombija, ga napadite. Z različnimi orožji iz arzenala ninja boste uničili zombije v igri Ninja Versus Zombie in za to dobili točke.